小金刚乘坐的飞机在沙漠上空意外坠机，小金刚的能量被抽光了，机器人安保官托洛普给了小金刚新的能量匣。在小金刚的帮助下，他发现了地底下的河川拯救了这里的动物。小金刚找回了记忆原来他就是被派到这里调查事实的真相的。小金刚子在沙漠的深处发现了太空水晶，在这里他又一次发现了复活的亚特拉斯。原来都是太空水晶城堡里人类所需要水的缘故，因此森林才会变成荒漠，亚特拉斯想改造小金刚成为他的弟弟，两人一起征服世界，却被小金刚严词拒绝。小金刚再一次战胜了亚特拉斯，拯救了世界。