茶水博士和小金刚在飞机上遇到了磁气风暴，飞机眼看就要遇难，多亏小金刚及时帮忙才使得飞机平安落到海面。但是小金刚却突然失去了意识掉入深海并捡到了一块太空水晶。茶水博士为小金刚制造了机器人爸爸妈妈和他一起生活，小金刚很是感动开心。警察在追捕逃犯思坎克的时候，却被一个骑着机器马的人所救，原来是亚特拉斯，他复活了。思坎克唆使亚特拉斯抢劫了银行和珠宝店等，引起人民恐慌。亚特拉斯抢走了小金刚的父母亲，小金刚凭着和亚特拉斯的心灵呼应找到了他，经过他的努力，他战胜了变得邪恶的亚特拉斯并损坏了他的机器人基地，救回了自己的父母。