为了观看在宇宙闪耀的美丽彩虹彗星，小金刚所在的三年三班的天文社的所有同学，坐火箭到彩虹彗星上参观。在预定轨道上，突然火箭被巨大的力量拖走。火箭被吸入到一个巨大的水晶里，小金刚被神秘力量吸引见到了这里的主人--亚特拉斯。他告诉自己将要征服地球的决心，并将四部垣变成了小矮人。并以此为要挟，如果小金刚不合作的话就将小金刚的同学都变成小矮人。为了自己的同学，小金刚同意了他的要求。火箭返回了固定航线，却是向金星飞去。小金刚终于明白亚特拉斯并没有放过自己的同学，小金刚冲出水晶，打败了追来的亚特拉斯拯救了自己的同学。