顺治八年，天花这一传染病普遍爆发。天花在清朝初期是一种极为可怕的传染病，当时的人们几乎是谈之色变。为了不引起朝野的恐慌，清朝正史中有意隐去了顺治死于天花的事实，这也在情理之中。但是顺治死于天花仍有疑点存在，天花病症与史料记载之间的矛盾不可回避，关于顺治患病和驾崩时间记载的出入也无法找到合理的解释。2004年，郑成功后裔家中惊现神秘手抄本《延平王起义实录》，一段关于顺治被郑成功炮毙于厦门的文字引发了历史学界对顺治死因的再度关注。